Actualisation 26 juin 2021
Cet article a pour ambition de vous aider à comprendre et expliquer la lecture de certains articles. de vous donner des définitions sur certains thèmes que l’on retrouve fréquemment dans les publications et que peut-être certains d’entre nous ne saisissent pas parfaitement.
En complément, consultez l’article sur l’élaboration d’un protocole de recherche.
Niveau de preuve scientifique
= LOE = Level of Evidence
– LOE 1 : Etudes cliniques randomisées ou méta analyses d’études cliniques multiples avec des effets sur traitement en rapport.
– LOE 2 : Etudes cliniques randomisées avec des effets sur traitement en rapport fiable.
– LOE 3 : Etudes prospectives, contrôlées, non randomisées, étude de cohorte.
– LOE 4 : Etudes historiques, non randomisées, cohorte ou étude de cas.
– LOE 5 : Séries de cas : les patients sont compilés en série, sans groupe témoin.
– LOE 6 : Etudes Animales ou modèle ou études sur modèle mécanique.
– LOE 7 : Extrapolations de données existantes rassemblées initialement dans d’autres buts, Analyse de données théoriques.
– LOE 8 : Conjecture rationnelle (bon sens) ; bonnes pratiques acceptées avant l’établissement de preuves scientifiques.
- Introduction à l’ ’Evidence-Based Medicine’ (EBM)
Le concept d’evidence based medecine, provient d’Archibald Cochrane, en 1960.
« It is surely a great criticism of our profession that we have not organised a critical summary, by specialty or sub-specialty, adapted periodically, of all relevant randomized controlled trials »
(C’est certainement une grande critique de notre profession le fait que nous n’ayons pas organisé de résumé critique, par spécialité ou sous-spécialité, adapté périodiquement, de tous les essais comparatifs randomisés pertinents.)
Détermination de la classe des recommandations
– Classe I : Recommandé sans aucun doute. Les preuves scientifiques irréfutables.
– Classe II : Acceptable et utile
– Classe IIa : Acceptable et utile. Preuves scientifiques de bonne qualité.
– Classe IIb : Acceptable et utile. Preuves scientifiques de faible qualité.
– Classe III : Non acceptable, inutile, peut être dangereux.
– Indéterminé : Les recherches sont en cours. Aucune recommandation ne peut être donnée dans l’attente des résultats des recherches.
Randomisation
La randomisation est le tirage au sort. C’est la garantie qu’un échantillon soit représentatif.
Car la constitution de groupe avant/après ou constitués par des critères prédéfinis ne garantit pas la comparabilité des groupes constitués.
Double aveugle
Lors d’une étude randomisée en double aveugle contre placebo, ni les patients ni les équipes médicales ne savent si le produit utilisé contient la molécule active.
Le produit étudié et le placebo sont dépourvus du moindre signe distinctif, sont dans des emballages uniformes et possèdent en général un code sous forme de chiffres ou de lettre.
Ce n’est que lors du déchiffrage des données que l’on aura une information certifiée sure et absolue sur le protocole exécuté et que l’on pourra analyser la molécule envisagée comme active, utile ou sans intérêt ou d’un intérêt limité.
Échantillonnage
C’est un "extrait" d’une population que l’on souhaite le plus proche possible et donc représentatif de la population totale envisagée.
C’est la base des hypothèses statistiques, qui sont basés sur ce postulat de départ.
Distribution normale
Pour qu’une étude sur une population soit représentative et donc fiable, encore faut-il que l’échantillonnage soit suffisant.
On considère que la loi des grands nombres s’applique à partir d’un effectif de 30 patients. Les données (poids, taille, âge, ...) ont une distribution en cloche. La forme de la courbe est dite de Gauss (un seul pic de fréquence) ou gaussienne et signe la Loi normale.
Moyenne, médiane, quartiles
Il est possible que deux populations étudiées ayant la même moyenne ne soient pas identiques. Il peut y avoir des courbes non gaussiennes (avec plusieurs pics de fréquence) ou des valeurs qui diffèrent autour de la même moyenne.
Ainsi on exprime un écart-type associé à une moyenne de même unité.
45 ans +/- 5 ans par exemple.
Cependant la différence montrée par l’écart-type a besoin d’un coefficient de variation en pourcentage pour pondérer cette différence.
exemple : 45 ans +/- 5 ans n’est pas la même chose que 8 ans +/- 5 ans.
La médiane sépare les valeurs de deux groupes ayant un effectif égal. C’est la mesure du milieu.
le quartile est la valeur utilisée lorsque la distribution n’est pas ou plus symétrique. C’est la valeur en dessous de laquelle on utilise un quart (le premier quartile), la moitié (deuxième quartile) et les trois-quarts (troisième quartile) pour décrire les valeurs observées. La figure est dite box-plot
Valeurs extrêmes
Elles sont représentées par des points extrêmes dans le box plot. Les points les plus éloignés de la ligne médiane de référence par exemple.
Déviation standard
C’est l’intervalle de dispersion possible de la moyenne théorique (de la population ou l’on a prit l’échantillon) par rapport à la moyenne observée sur l’échantillon.
Intervalle de confiance
C’est une mesure qui permet de se faire une idée précise de l’estimation des moyennes car elle permet de constater si il y a une différence significative ou pas, lors d’une étude.
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La SOFIA vous offre la possibilité de devenir référent en la matière et vous permet la diffusion de vos travaux, si vous souhaitez publier.
A lire : Des niveaux de preuve aux recommandations. Rapport de la Société de Pneumologie de Langue Française
On est foutu, on publie trop !
Publié le 11/04/2015
Etre cité est un gage de notoriété. Le mécanisme s’est vérifié de tout temps. Le monde moderne a érigé ce principe en système : le nombre de citation d’un article scientifique est désormais scrupuleusement quantifié et à la base du calcul de "l’impact factor" des revues qui accueillent ces publications. Ainsi, désormais, pour espérer voir leur carrière couronnée de succès les scientifiques se doivent de publier dans les revues les plus fréquemment citées, dans l’espoir que leurs articles comptent à leur tour parmi ceux les plus souvent référencés. Mais de tout temps aussi, la perversité de la citation a été observée. Car être cité, même souvent, même beaucoup, n’est pas nécessairement une preuve de pertinence. Et la course à la citation peut faire perdre de vue ce qui devrait être l’objet d’une attention privilégiée : le cœur de la citation.
Un système contre productif
De nombreux scientifiques se sont ces dernières années exprimés sur le caractère pervers du système des "impact factor ". Il y a un an, une étude signée par Arturo Casadevall, du Collège de médecine Albert Einstein à New York fustigeait par exemple les dérives du fonctionnement actuel de la recherche. « Les scientifiques associent la valeur de leurs recherches au journal au sein duquel ce travail est publié, plutôt que dans le contenu même de ce travail. Cette folie cause des distorsions profondes dans la manière dont se pratique la science ». Il jugeait encore : « Exiger des scientifiques qu’ils mènent des recherches avec un haut facteur d’impact crée un biais fort : cela les décourage de faire des recherches très risquées et cela réduit les chances de découvertes ».
Obsolescence de la science
Aujourd’hui, des chercheurs finnois et américains aboutissent à des conclusions similaires, en s’intéressant à une autre conséquence de la course à la citation : la multiplication des publications. Dans une étude publiée sur le portail arXiv, prenant en compte des millions d’articles scientifiques, ils constatent que le pic de citations d’un article est aujourd’hui atteint de plus en plus vite. Traduction : les publications sont de plus en plus rapidement oubliées. Cette obsolescence de la science ne manque pas d’inquiéter, car elle suggère l’existence de plusieurs risques : celui de ne pas retenir des découvertes importantes et celui de voir mis en avant des travaux peu intéressants.
N’être jamais cité : la pire sanction pour un scientifique
Au-delà de ces commentaires, de la diffusion en 2012 de la "Déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche" appelant à lutter contre l’utilisation de l’impact factor, quelques chiffres publiés dans le rapport STM 2015, cité (!) sur son blog par le docteur Maisonneuve permettent de se faire une idée de la course effrénée et presque absurde à la publication et à la citation. Aujourd’hui, les 28 000 revues scientifiques publient 2,5 millions d’articles par an. Ces derniers sont l’objet de citations en croissance constante et plus importante que le nombre de publications. On estime que 15 % des articles entraînent la moitié des publications et que 90 % des citations sont issues de 50 % des articles, ce qui fait observer à Hervé Maisonneuve que la moitié des articles ne sont jamais cités !
Aurélie Haroche jim.fr
Procédure éditoriale en matière de conflits d’intérêts
Can Urol Assoc J. 2013 Sep-Oct ; 7(9-10) : E628–E629.
French. DOI : 10.5489/cuaj.1701
PMCID : PMC3886199
PMID : 24409210
Josephine E. Sciortino, MA et D. Robert Siemens, MD, FRCSC
Copyright and License information Disclaimer
Depuis les années 1970, on se préoccupe de plus en plus de l’influence pernicieuse que peuvent avoir l’industrie et le commerce sur la recherche universitaire, notamment sur le contenu des publications scientifiques et l’évolution de la pratique clinique. De trop nombreux exemples de conflits d’intérêts non déclarés ont mené à une interprétation erronée des résultats ou même à la redéfinition d’une politique. Cependant, certains réfutent encore l’idée que la présence de conflits d’intérêts est contraire aux principes d’objectivité et de transparence. La pratique veut que les auteurs indiquent tout conflit d’intérêts susceptible d’influer sur les articles qu’ils soumettent. Mais cette situation soulève une question : quels sont les conflits d’intérêts pertinents ? Et qu’en est-il des conflits « en nature », c’est-à-dire des conflits qui ne sont pas directement liés à une rémunération en argent ?
Il existe un large éventail de conflits d’intérêts. Ceux-ci comprennent notamment « les relations de nature financière (c.-à-d. toute relation ou obligation financière à l’égard du commanditaire de la recherche ou d’autres entreprises, notamment une relation contractuelle, une participation dans une entreprise ou le paiement d’honoraires professionnels pour la prestation de services scientifiques, gouvernementaux ou juridiques) et les relations de nature non financière (c.-à-d. les relations personnelles, notamment avec des membres de la famille immédiate, ou une implication dans un litige) pouvant fausser ou paraître fausser le jugement professionnel1 ».
Il revient au journal d’établir clairement ce que doivent déclarer les auteurs. Si les questions claires et fermées (qui se répondent par oui ou par non) obtiennent généralement une réponse, ce n’est pas toujours le cas des questions générales et ouvertes. Du coup, les conflits d’intérêts ne sont pas toujours déclarés2. L’ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors) a élaboré un modèle de formulaire remanié3. Celui-ci est axé sur des questions fermées dont on a élargi la portée pour inclure toutes les relations de nature financière ou non financière qui dépassent le cadre de l’article soumis4. Cette déclaration inclusive oblige les auteurs à indiquer si, depuis deux ans, ils ont eu une relation avec une entité commerciale : société pharmaceutique, fabricant d’équipement médical ou agence de communication (et pas uniquement celles qui sont en lien avec le sujet de recherche).
C’est au lecteur de déterminer s’il y a présence ou non de conflit d’intérêts. Quant à l’auteur, il est tenu de divulguer tout conflit potentiel ou perçu. Ce type de déclaration inclusive permet d’accroître la transparence et rehausse la crédibilité de la revue. Si les auteurs ont des intérêts dans un projet de recherche, leurs découvertes risquent d’être biaisées, et ce, même s’ils ont pris toutes les précautions nécessaires au moment d’établir le protocole de recherche. Pour bien interpréter et comprendre les résultats de l’étude, le lecteur doit pouvoir connaître le contexte dans lequel l’article a été rédigé. Cependant, la présence d’un conflit d’intérêts réel ou perçu ne se traduit pas nécessairement par le rejet de l’article. Nous estimons que ce genre de décision catégorique pourrait avoir un effet répressif en dissuadant les auteurs de déclarer les conflits d’intérêts. Notre rôle n’est pas de juger ; les rédacteurs en chef doivent se mettre dans la peau du lecteur et rester à l’affût de toute impression de parti pris. Dans le doute, il faut inviter les auteurs à en dire plus que moins5.
Les rédacteurs en chef du British Journal of Dermatology estiment que la responsabilité de déclaration incombe entièrement aux auteurs. Par le passé, l’auteur d’un article paru dans cette revue a omis de déclarer qu’il détenait des brevets sur un soin de la peau anti-âge – c’est-à-dire une participation financière manifeste dans une entreprise. À leur décharge, les rédacteurs du BJD ont répondu que « les auteurs ont la responsabilité de divulguer leurs relations de nature financière ou personnelle avec des tiers6 ». Est-ce naïf ? Nous pensons que oui. Bien sûr, les auteurs ont un rôle à jouer, mais le fardeau éthique pèse sur le rédacteur en chef, qui doit prendre toutes les mesures nécessaires pour recueillir l’information concernant d’éventuels conflits d’intérêts auprès des auteurs. Dans une étude réalisée en 2011 par l’Université Columbia, à New York, David Rothman a découvert que, sur 95 articles rédigés par des chirurgiens orthopédiques ayant reçu au moins 1 million de dollars provenant de fabricants d’appareils, moins de la moitié faisaient état d’un conflit d’intérêts6. Voilà qui donne matière à réflexion.
L’équipe de rédaction de l’AUC continuera de se montrer vigilante en ce qui concerne ses demandes et la déclaration des conflits d’intérêts. Nous mettons tout en œuvre pour améliorer nos procédures de conformité afin que l’information publiée dans nos pages puisse faire l’objet d’un examen public rigoureux.
Acknowledgments
Toute notre gratitude à Catherine Millar, directrice, DPC et agrément à l’AUC, pour son point de vue éclairé sur les conflits d’intérêts.
Références
1. PLOS ONE Editorial Policies. http://www.plosone.org/static/editorial. Accessed September 23, 2013.
2. Baethge C. The effect of a conflict of interest disclosure form using closed questions on the number of positive conflicts of interest declared – a controlled study. PeerJ. 1:e128. DOI : 10.7717/peerj.128. [Article PMC gratuit] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
3. International Committee ICME Form. http://www.icmje.org/coi_disclosure.pdf. Accessed September 23, 2013.
4. CUAJ Declaration of Potential Conflict of Interest Form. http://journals.sfu.ca/cuaj/index.php/journal/about/submissions#authorGuidelines.
5. Graf C, Battisti WP, Bridges D, et al. Good publication practice for communicating company sponsored medical research : the GPP2 guidelines. BMJ. 2009 ;339:b4330. DOI : 10.1136/bmj.b4330. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
6. Joelving F. Financial transparency skin-deep at medical journals. 2001. Jun 8, http://www.reuters.com/article/2011/06/08/us-financial-transparency-idUSTRE7574ET20110608.
Articles from Canadian Urological Association Journal are provided here courtesy of Canadian Urological Association
source:ncbi.nlm.nih.gov
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Arnaud BASSEZ
Administrateur
Formateur AFGSU